? 在神奇的植物世界里,光對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育起著至關(guān)重要的作用。植物光敏色素(phy)作為感受紅光和遠(yuǎn)紅光的 “小雷達(dá)”,在光信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過(guò)程中扮演著關(guān)鍵角色。phy 主要分為 phyA 和 phyB 等類型,它們能與 PHYTOCHROME-INTERACTING FACTORs(PIFs)相互作用,進(jìn)而調(diào)控植物的光響應(yīng)。然而,此前關(guān)于 phyA、phyB 與 PIFs 之間具體的互作機(jī)制,科學(xué)界仍存在諸多謎團(tuán)。比如,雖然已知 phyB 可通過(guò) active phyB-binding(APB)基序與 PIFs 結(jié)合,但 phyA 是否通過(guò) active phyA-binding(APA)基序與 PIFs 結(jié)合并不明確,而且它們結(jié)合的具體結(jié)構(gòu)域和調(diào)控機(jī)制也有待探索 。這些問(wèn)題如同迷霧,阻礙著人們深入了解植物光信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的奧秘,也限制了相關(guān)農(nóng)業(yè)應(yīng)用的發(fā)展。因此,開(kāi)展對(duì) phy 與 PIFs 互作機(jī)制的研究迫在眉睫。
韓國(guó)科學(xué)技術(shù)院(KAIST)的研究人員勇挑重?fù)?dān),踏上了解開(kāi)這一謎團(tuán)的征程。他們通過(guò)一系列嚴(yán)謹(jǐn)且富有創(chuàng)新性的實(shí)驗(yàn),取得了令人矚目的成果。研究發(fā)現(xiàn),phyA 和 phyB 均通過(guò) phy 的 C 末端輸出模塊(phyOPM)與 APA 相互作用,而 phyB 還能通過(guò) N 末端光感受模塊(phyPSM)與 APB 相互作用。不僅如此,苔蘚植物地錢(qián)(Marchantia)的 Mp-phy 也通過(guò) phyOPM-APA 互作與 PIFs 結(jié)合 。這表明 phyOPM-APA 互作是一種古老且保守的特征,存在于擬南芥(Arabidopsis thaliana)的 phyA、phyB 以及地錢(qián)的 Mp-phy 中。此外,研究還揭示了 phyOPM-APA 互作促進(jìn) PIF3 降解,但不會(huì)導(dǎo)致 phyB 自身的破壞;而 phyPSM-APB 互作則會(huì)引發(fā) phyB 和 PIF3 的相互破壞。同時(shí),研究人員還闡明了全長(zhǎng) phy 與 APA 的光依賴性互作,源于 phyPSM對(duì) phyOPM的光依賴性掩蔽和去掩蔽機(jī)制。這些發(fā)現(xiàn)為深入理解植物光信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路提供了關(guān)鍵線索,有助于人們更好地調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育,在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和植物生物技術(shù)領(lǐng)域具有重要的潛在應(yīng)用價(jià)值。該研究成果發(fā)表在《Nature Communications》上,為該領(lǐng)域的研究開(kāi)辟了新的方向。
研究人員為開(kāi)展此項(xiàng)研究,運(yùn)用了多種關(guān)鍵技術(shù)方法。首先是酵母雙雜交(Y2H)實(shí)驗(yàn),通過(guò)構(gòu)建能產(chǎn)生藻藍(lán)膽素(PCB)的酵母菌株 AH109C,檢測(cè) phy 與 PIFs 及其他互作蛋白的光依賴性互作。其次是體外結(jié)合實(shí)驗(yàn),利用重組蛋白,分析 phy 不同結(jié)構(gòu)域與 PIFs 的結(jié)合特性。此外,免疫印跡實(shí)驗(yàn)用于檢測(cè)蛋白降解情況,半體內(nèi)結(jié)合實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證了體內(nèi)的蛋白互作關(guān)系。
研究結(jié)果
Y2H 實(shí)驗(yàn)捕獲光依賴性互作:研究人員構(gòu)建的 AH109C 酵母菌株能有效產(chǎn)生 PCB,支持有活性的 phy 形成。利用該菌株進(jìn)行 Y2H 實(shí)驗(yàn),成功捕獲了 phyBPSM與 PIF3 以及全長(zhǎng) phyB 與其他互作蛋白(如 SPA1、SPA2、ELF3 和 TZP)的光依賴性互作,證明該菌株可用于檢測(cè) phy 與互作蛋白的光依賴性互作。
- phyA 與 APA 基序的互作:通過(guò) Y2H 實(shí)驗(yàn)和體外結(jié)合實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),phyA 通過(guò) phyAOPM-APA 互作與 PIF1 和 PIF3 結(jié)合,且這種互作具有光依賴性。phyAPSM無(wú)論在何種光照條件下,均不與 PIF3 或其突變體結(jié)合,而 phyAOPM能與 PIF3 及 PIF3mAPB結(jié)合,但不與 PIF3mAPA或 PIF3mAPA/mAPB結(jié)合 。
- phyB 與 APA、APB 基序的互作:Y2H 實(shí)驗(yàn)、體外結(jié)合實(shí)驗(yàn)和半體內(nèi)結(jié)合實(shí)驗(yàn)表明,phyB 通過(guò) phyBPSM-APB 和 phyBOPM-APA 兩種互作方式與 PIF1 和 PIF3 結(jié)合。phyBPSM與 PIF3 及 PIF3mAPA在紅光下結(jié)合,通過(guò) APB 互作;phyBOPM與 PIF3 及 PIF3mAPB結(jié)合,通過(guò) APA 互作。
- phyBOPM-APA 互作的功能:免疫印跡實(shí)驗(yàn)顯示,phyBOPM-APA 互作可促進(jìn) PIF3 降解,但不會(huì)誘導(dǎo) phyB 破壞;而 phyBPSM-APB 互作會(huì)導(dǎo)致 phyB 和 PIF3 相互破壞。在 phyA 突變背景下,紅光可促進(jìn) PIF3、PIF3mAPA和 PIF3mAPB降解,但不促進(jìn) PIF3mAPA/mAPB降解;在 35S:PHYB-GFP/phyb-9 背景下,當(dāng) APB 突變時(shí),phyB 降解被抑制,但 PIF3 降解仍可發(fā)生。
- Mp-phy 與 APA 基序的互作:Y2H 實(shí)驗(yàn)表明,地錢(qián)的 Mp-phy 與 Mp-PIF 以及擬南芥的 PIFs 通過(guò) Mp-phyOPM-APA 互作結(jié)合。Mp-phyPSM不與 Mp-PIF、PIF1 或 PIF3 結(jié)合,而 Mp-phyOPM能與具有完整 APA 基序的 PIFs 結(jié)合。同時(shí),擬南芥的 phyA 和 phyB 也可通過(guò) phyOPM-APA 互作與 Mp-PIF 結(jié)合,說(shuō)明該互作在進(jìn)化上是保守的。
- phyPSM與 APA 的競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合:Y2H 實(shí)驗(yàn)和體外結(jié)合實(shí)驗(yàn)證明,phyPSM的 Pr 形式與 APA 競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合 phyOPM。在黑暗中,phyPSM與 phyOPM結(jié)合,阻止 APA 與 phyOPM結(jié)合;在紅光下,phyPSM從 phyOPM解離,使 APA 能夠結(jié)合 phyOPM,從而解釋了全長(zhǎng) phy 與 APA 的光依賴性互作源于 phyOPM-APA 的光獨(dú)立互作。
研究結(jié)論與討論
本研究揭示了植物光敏色素與 PIFs 互作的新機(jī)制,證實(shí)了 phyOPM-APA 互作是一種古老且保守的特征,存在于不同植物的光敏色素中。phyPSM-APB 互作則是 phyB 特有的,且兩種互作在 PIF3 和 phyB 的降解過(guò)程中具有不同作用。此外,研究還闡釋了光依賴性 phy-PIF 互作的產(chǎn)生機(jī)制,為理解植物光信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)提供了重要依據(jù)。這不僅有助于人們深入了解植物如何感知和響應(yīng)光信號(hào),還為未來(lái)通過(guò)調(diào)控光信號(hào)通路改善植物生長(zhǎng)發(fā)育、提高作物產(chǎn)量和品質(zhì)提供了理論基礎(chǔ),對(duì)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和植物生物技術(shù)的發(fā)展具有深遠(yuǎn)意義。后續(xù)研究可進(jìn)一步探索相關(guān)蛋白識(shí)別不同互作復(fù)合物的具體機(jī)制,以及光依賴性掩蔽和去掩蔽機(jī)制在其他植物蛋白互作中的作用,為該領(lǐng)域的發(fā)展開(kāi)拓更廣闊的空間。(子科生物報(bào)道)