深圳子科生物報道：循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）分析為癌癥的檢測和監(jiān)控提供了一種非侵入性的方法，引發(fā)各界關(guān)注。通常，人們是從中尋找癌癥相關(guān)的突變。不過，香港中文大學(xué)的研究人員另辟蹊徑，通過一種新穎的方法來捕捉DNA片段中的腫瘤信號。

在這項周一發(fā)表于《美國科學(xué)院院刊》（PNAS）的研究中，研究小組通過對肝細(xì)胞癌、肝移植和肝炎患者血漿樣本的分析，表明DNA片段的末端坐標(biāo)可以作為癌癥的標(biāo)志物，這有望提高液體活檢的成本效益。

這項研究由香港中文大學(xué)的盧煜明（Dennis Lo）教授領(lǐng)導(dǎo)。他是無創(chuàng)產(chǎn)前檢測（NIPT）的奠基人，也是液體活檢領(lǐng)域的先驅(qū)。他曾經(jīng)與美國Grail公司合作，將與病毒相關(guān)的頭頸癌檢測商業(yè)化。

在這項研究中，研究人員首先描述了他們開發(fā)的各種方法，可用于檢測血漿中與癌癥相關(guān)的體細(xì)胞突變（包括驅(qū)動突變和過客突變）。然后，他們將注意力轉(zhuǎn)移到除突變之外的其他癌癥信號。

研究人員介紹稱，除了尋找腫瘤突變之外，目前正在研究的其他方法包括DNA甲基化、核小體定位，以及腫瘤相關(guān)病毒的檢測（僅適用于某些癌癥）。

最近的研究證明，游離DNA的片段化是一個非隨機(jī)的過程。因此，盧教授及其合作者認(rèn)為，他們有望找到腫瘤DNA特有的模式，并用于鑒定癌癥是否存在。

利用一組肝移植受體的血漿樣本，研究人員首先表明，肝臟來源的游離DNA分子比非肝臟來源的分子更傾向于在某些基因組坐標(biāo)上終止。之后，他們分析了一組肝癌患者的測序數(shù)據(jù)，并將其與慢性乙肝患者的樣本進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)了腫瘤特異性的血漿DNA的末端坐標(biāo)。

研究人員表示，這些具有癌癥特異性末端坐標(biāo)的循環(huán)DNA分子的豐度也與患者的腫瘤DNA部分密切相關(guān)。同時，整個基因組中有數(shù)百萬個與腫瘤相關(guān)的血漿DNA末端坐標(biāo)，這表明它們比體細(xì)胞突變更容易檢測到。作者認(rèn)為，這種基于末端坐標(biāo)的方法可能為尋找血液中的癌癥跡象提供了一種更便宜的方法。

因此，將體細(xì)胞突變檢測與腫瘤相關(guān)DNA的末端坐標(biāo)相結(jié)合有望大大提高液體活檢的敏感性。“評估這些末端坐標(biāo)在癌癥早期無創(chuàng)檢測中的價值將會很有趣，”研究小組得出結(jié)論。

盧教授及其同事報告稱，他們已就這項研究所報告的數(shù)據(jù)提交了專利申請。

原文檢索

Preferred end coordinates and somatic variants as signatures of circulating tumor DNA associated with hepatocellular carcinoma

PNAS published ahead of print October 29, 2018 https://doi.org/10.1073/pnas.1814616115