深圳子科生物報(bào)道：piRNA (PIWI-interacting RNAs) 是一類長(zhǎng)度約為24~31 nt的非編碼小RNA，通過(guò)特異性地與PIWI蛋白結(jié)合而發(fā)揮生物學(xué)作用。piRNA主要在生殖細(xì)胞系中表達(dá)，其數(shù)量眾多，因此引起了眾多科研人員的廣泛關(guān)注。piRNA的發(fā)現(xiàn)為非編碼小RNA的研究開辟了一個(gè)新領(lǐng)域，被Science評(píng)為2006年十大科技進(jìn)展之一。

自piRNA被發(fā)現(xiàn)以來(lái)，對(duì)其研究進(jìn)展迅速，現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)其在生殖干細(xì)胞分化、胚胎發(fā)育、維持基因組完整性、表觀遺傳學(xué)調(diào)控、異染色質(zhì)的形成和物種的性別決定等方面起著重要作用，此外在抑制轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄和基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中也扮演重要角色，并且越來(lái)越多的研究表明在癌癥組織中piRNA的表達(dá)也不盡相同。

來(lái)自中科院生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心的研究人員發(fā)表了題為“piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences”的論文，發(fā)布了最新版的piRBase (piRBase release v2.0)。

piRBase是一個(gè)整合了不同類型的piRNA數(shù)據(jù)來(lái)輔助piRNA功能研究的數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行了收集、注釋、可視化，將有助于更好地研究piRNA的功能。

這一研究成果公布在10月29日的Nucleic Acids Research上，中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所陳潤(rùn)生院士、何順民研究員為本文共同通訊作者。中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心王佳佳、張鵬副研究員和路一平為本文并列第一作者。

何順民研究員與其合作者在2014年發(fā)布了piRBase數(shù)據(jù)庫(kù)的第一個(gè)版本（Database (Oxford)，2014）。piRBases數(shù)據(jù)庫(kù)是國(guó)際RNA聯(lián)盟RNAcentral收錄的唯一一個(gè)piRNA專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)。之后，他們又系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)了piRNA對(duì)編碼基因的剪切調(diào)控作用（Cell Research，2015），并開發(fā)了piRNA靶基因預(yù)測(cè)算法（Bioinformatics， 2016）?；谶@些工作成果，此次piRBase升級(jí)既包括原有模塊新數(shù)據(jù)的收錄，又涉及到新模塊的添加以擴(kuò)展piRBase的綜合性和全面性。

最新版piRBase中piRNA的數(shù)量達(dá)到了1.7億多條，覆蓋了21個(gè)物種的264個(gè)數(shù)據(jù)集，是目前數(shù)據(jù)量最大最全的piRNA數(shù)據(jù)庫(kù)。鑒于piRNA的功能多樣性，piRBase根據(jù)其來(lái)源將piRNA劃分為重復(fù)序列來(lái)源和基因來(lái)源兩大類；在piRNA靶基因模塊中除了添加了新收集的piRNA的靶基因，他們還根據(jù)自己研發(fā)的預(yù)測(cè)方法對(duì)piRNA的靶l(wèi)ncRNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)并在piRBase中進(jìn)行了收錄展示為相關(guān)研究人員提供可靠的候選靶基因；piRBase進(jìn)一步對(duì)piRNA相關(guān)的表觀遺傳數(shù)據(jù)進(jìn)行了收集整理旨在推進(jìn)piRNA和表觀遺傳調(diào)控之間的研究。

此次升級(jí)主要新增piRNA與癌癥以及在線工具兩個(gè)模塊。piRNA與癌癥模塊收錄了8種癌癥中piRNA的表達(dá)情況來(lái)輔助癌癥相關(guān)的研究；此次更新還提供了多個(gè)在線工具可以為用戶提供更好的體驗(yàn)。piRBase中所有相關(guān)數(shù)據(jù)都可以通過(guò)piRBase (http://regulatoryrna.org/database/piRNA/) 網(wǎng)站的UCSC genome browser進(jìn)行可視化。

piRBase的此次更新工作主要由中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心(http://bigdata.ibp.ac.cn)完成。該研究中心于2015年5月成立，陳潤(rùn)生院士任中心主任，何順民研究員任中心常務(wù)副主任。中心主要針對(duì)生物組學(xué)大數(shù)據(jù)進(jìn)行整合挖掘分析研究，并輔以開發(fā)組學(xué)研究分析的新技術(shù)，力求打造圍繞國(guó)家精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和重要戰(zhàn)略生物資源的組學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、應(yīng)用和共享的公共技術(shù)支撐體系。經(jīng)過(guò)近三年運(yùn)行，中心發(fā)展迅速，已完成測(cè)序平臺(tái)、計(jì)算集群和數(shù)據(jù)存儲(chǔ)平臺(tái)、多組學(xué)生命數(shù)據(jù)分析平臺(tái)和數(shù)據(jù)共享平臺(tái)的建設(shè)。

原文標(biāo)題：

piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences

https://doi.org/10.1093/nar/gky1043