深圳子科生物報道：大規(guī)模人群的全基因組測序研究有助于理解人類演化和遷徙的歷史，以及發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的遺傳變異。人類的遺傳變異絕大部分為罕見變異，只出現(xiàn)在特定人群中。例如，國際千人基因組項目發(fā)現(xiàn)的8千多萬個單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點中，大約90%的最小等位基因頻率（MAF）小于0.05，且86%僅出現(xiàn)在單一大陸人群中。然而，現(xiàn)有人類基因組學(xué)研究以及公共數(shù)據(jù)庫的樣本絕大部分來自歐美人群，所取得的研究成果并不完全適用于非歐美人群，嚴(yán)重限制了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的實施和推廣。

華中科技大學(xué)同濟醫(yī)學(xué)院，新加坡基因組研究所的研究人員發(fā)表了題為“Large-Scale Whole-Genome Sequencing of Three Diverse Asian Populations in Singapore”的文章，報道了對2780個新加坡華人，903個馬來人，1127個印度人的全基因組測序數(shù)據(jù)的群體遺傳學(xué)研究成果。

這一研究成果公布在10月17日的Cell雜志上，文章通訊作者為新加坡基因組研究所劉建軍教授，第一作者為華中科技大學(xué)同濟醫(yī)學(xué)院王超龍教授，巫德剛，竇錦壯和柴曉冉，這項研究由同濟醫(yī)學(xué)院，新加坡基因組研究所與新加坡萬人基因組聯(lián)盟（SG10K Consortium）合作完成。

亞洲人口占世界總?cè)丝诘?0%，具有豐富的遺傳多樣性。新加坡由于其獨特的近代移民史，形成了主要包括華人、馬來人和印度人的人口組成，是亞洲人群遺傳多樣性的一個絕佳縮影，因此對新加坡三大族群開展全基因組測序研究將推進(jìn)我們對亞洲人群特有的基因變異的了解，對精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)在亞洲的發(fā)展具有重要意義。

這項研究通過對4810個新加坡人的13.7X全基因組測序，發(fā)現(xiàn)了89160286個SNPs和9113420個插入缺失變異（INDELs），其中一半以上為尚未在國際遺傳數(shù)據(jù)庫dbSNP記錄的新發(fā)現(xiàn)變異，而且有126個被生物信息學(xué)軟件預(yù)測為有害的變異從未在公共數(shù)據(jù)庫中報道卻在新加坡人群中達(dá)到了MAF>1%，從側(cè)面反映了現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中亞洲人群數(shù)據(jù)的嚴(yán)重匱乏，將影響對亞洲人進(jìn)行疾病基因診斷的準(zhǔn)確性。

基于上述數(shù)據(jù)，作者進(jìn)行了深入的群體遺傳學(xué)分析，證實了新加坡三大族群涵蓋了廣泛的亞洲人群遺傳多樣性，且每個族群內(nèi)部還有更精細(xì)的群體遺傳結(jié)構(gòu)，并系統(tǒng)地刻畫了三大亞洲族群的人口學(xué)特征和演化歷史。另外，作者發(fā)現(xiàn)了20個可能受到自然選擇的基因位點，包括13個新發(fā)現(xiàn)的候選位點，其中富集了此前被全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）報道的與人類復(fù)雜疾病和性狀顯著相關(guān)的信號，揭示自然選擇對人類表型多樣性的形成具有重大影響。最后，得益于新加坡人群豐富的遺傳多樣性，作者通過評估實驗發(fā)現(xiàn)結(jié)合國際千人基因組和SG10K的測序數(shù)據(jù)可以顯著地提高絕大部分亞洲人群和大亞洲人群的基因型填補精度，尤其是對于罕見變異的填補，將有助于增強相關(guān)人群的疾病關(guān)聯(lián)研究的統(tǒng)計效能，加速發(fā)現(xiàn)致病基因和藥物靶點。

這項研究所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)和結(jié)果有望成為推進(jìn)亞洲人群遺傳疾病研究和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展的一項重要資源。

原文標(biāo)題：

Large-Scale Whole-Genome Sequencing of Three Diverse Asian Populations in Singapore