子科生物報(bào)道：一項(xiàng)對(duì)近1.2萬(wàn)份人類遺傳學(xué)論文的計(jì)算機(jī)分析研究發(fā)現(xiàn)，超過(guò)700項(xiàng)研究的實(shí)驗(yàn)試劑DNA或RNA序列存在錯(cuò)誤。澳大利亞悉尼大學(xué)(University of Sydney)癌癥研究人員Jennifer Byrn領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)指出，這是一個(gè)“令人擔(dān)憂的問(wèn)題”，因?yàn)檫@表明有一部分有關(guān)人類基因的研究是不可靠的，令人擔(dān)憂。這些錯(cuò)誤可能是偶然的，但研究人員也懷疑可能存在學(xué)術(shù)不端。

自2015年以來(lái)，Byrn一直在研究遺傳學(xué)研究中的錯(cuò)誤，當(dāng)時(shí)她在五篇報(bào)告一項(xiàng)常見(jiàn)實(shí)驗(yàn)的論文中發(fā)現(xiàn)了問(wèn)題：使用一小段DNA使癌細(xì)胞中的一個(gè)基因失活。這些研究報(bào)告了他們進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)了錯(cuò)誤的核苷酸序列，而這并不是這些論文唯一的問(wèn)題，文章還使用了相似的語(yǔ)言和數(shù)據(jù)，Byrn懷疑它們論文制作商的產(chǎn)品。目前四篇論文已經(jīng)被退回。

Byrn繼續(xù)尋找有類似錯(cuò)誤的論文。到2017年，她與法國(guó)格勒諾布爾大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)家Cyril Labbé合作，開(kāi)發(fā)了名為Seek & Blastn的軟件，可以標(biāo)記潛在的錯(cuò)誤。它從論文中提取短核苷酸序列，并與公共核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)Blastn進(jìn)行比較，檢查它們是否與應(yīng)該靶向的人類基因匹配。研究人員也手動(dòng)檢查每個(gè)標(biāo)記不匹配。

為了衡量這個(gè)問(wèn)題的嚴(yán)重程度，研究小組篩選了他們知道之前發(fā)表過(guò)有缺陷的論文的兩家雜志:Gene(研究小組檢查了2007年至2018年發(fā)表的所有7400篇原創(chuàng)論文)和Oncology Reports(2014年至2018年發(fā)表的所有3800篇開(kāi)放獲取論文)。經(jīng)過(guò)人工檢查，在Oncology Reports檢查的論文中，約有12%的論文出現(xiàn)了錯(cuò)誤。

有針對(duì)性的搜索

Byrne和她的團(tuán)隊(duì)還指出了癌癥遺傳學(xué)的三個(gè)子領(lǐng)域，他們此前在這些領(lǐng)域發(fā)現(xiàn)了問(wèn)題：關(guān)于特定類型的microRNA 在癌細(xì)胞中的作用的論文；報(bào)道順鉑或吉西他濱治療癌細(xì)胞或癌癥患者的論文；還有一些論文報(bào)道了消除17個(gè)基因中的任何一個(gè)的活性，從而確定它們?cè)诎┘?xì)胞中的功能。研究小組發(fā)現(xiàn)，在這些亞領(lǐng)域的約600篇論文中，超過(guò)25%的論文含有核苷酸序列錯(cuò)誤。

研究人員在7月31日發(fā)表在bioRxiv上的一份預(yù)印本中說(shuō)，總共有712篇論文——約占篩查總數(shù)的6%——在其核苷酸試劑的序列中存在錯(cuò)誤。這些研究發(fā)表在78份期刊上，被引用總數(shù)超過(guò)17000次。(其中29項(xiàng)研究發(fā)表在Springer Nature上，Nature表示將對(duì)相關(guān)論文進(jìn)行調(diào)查)。在712項(xiàng)研究中，只有11項(xiàng)被撤回，3項(xiàng)表達(dá)了擔(dān)憂。Byrne說(shuō)，她的團(tuán)隊(duì)現(xiàn)在已經(jīng)給所有相關(guān)期刊或出版商的編輯發(fā)了電子郵件，他們可以找到聯(lián)系方式，有些人回復(fù)說(shuō)他們將調(diào)查這些論文。

Oncology Reports主編、病毒學(xué)家Demetrios Spandidos告訴Nature雜志，Byrne已經(jīng)聯(lián)系了他，但還沒(méi)有足夠的時(shí)間來(lái)評(píng)估手稿中描述的所有數(shù)據(jù)。Gene雜志的主編、分子生物學(xué)家Andre Van Wijnen沒(méi)有回應(yīng)。

無(wú)意的錯(cuò)誤?

Byrne說(shuō)，有些問(wèn)題可能是無(wú)意的錯(cuò)誤。但是，她說(shuō)研究人員發(fā)現(xiàn)了許多不太可信的錯(cuò)誤，比如聚合酶鏈反應(yīng)本應(yīng)用來(lái)擴(kuò)增DNA。

研究人員寫(xiě)道:“我們發(fā)現(xiàn)，人類基因功能論文中核苷酸序列錯(cuò)誤的比例高得令人難以接受，這對(duì)旨在將基因組學(xué)投資轉(zhuǎn)化為患者的研究領(lǐng)域是一個(gè)重大挑戰(zhàn)?！边@樣浪費(fèi)了科學(xué)家試圖跟蹤此類研究的時(shí)間，最壞的情況是，論文可能是偽造的，研究可能不可靠。