深圳子科生物報道：RNA結(jié)構(gòu)是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的基礎(chǔ)，對于RNA的合成（即轉(zhuǎn)錄）、加工（包括剪切、修飾等）、轉(zhuǎn)運、翻譯和降解等過程都起著重要調(diào)控作用。

來自斯坦福大學，清華大學的研究人員發(fā)表了題為“RNA structure maps across mammalian cellular compartments”的文章，報道了哺乳動物不同細胞組分RNA結(jié)構(gòu)圖譜，突出了RNA結(jié)構(gòu)的動態(tài)變化特性，及其在基因調(diào)控中的功能意義。并深入解析了RNA結(jié)構(gòu)動態(tài)變化的分子機制，特別是其與RNA修飾、RBP結(jié)合之間的相互關(guān)系。

這一研究成果公布在Nature Structural & Molecular Biology，由斯坦福大學著名分子生物學家Howard Chang教授，和清華大學生命科學學院張強鋒研究員完成。

Chang教授出生于臺灣，畢業(yè)于哈佛大學，現(xiàn)任斯坦福大學首席研究員。曾入選HHMI2009年早期職業(yè)科學家項目（2009 Early Career Scientist Program），獲得百萬美元資助。近幾年張教授多次在Nature等頂級期刊上發(fā)表成果。

2015年Howard Chang課題組在《自然》雜志發(fā)明的技術(shù)icSHAPE可以高通量地獲取整個轉(zhuǎn)錄組的RNA結(jié)構(gòu)。但是，之前的研究測得的是細胞內(nèi)所有RNA的平均結(jié)構(gòu)，不能區(qū)分不同空間分布的細胞組分間RNA結(jié)構(gòu)的差異。

在最新研究中，研究人員通過整合亞細胞分離技術(shù)與高通量RNA探測技術(shù)icSHAPE，解析了來自于人類和老鼠的兩個不同細胞系染色體上，細胞核內(nèi)與細胞質(zhì)內(nèi)三個組分的RNA結(jié)構(gòu)。

研究比較了不同亞細胞定位的RNA結(jié)構(gòu)，并建立了RNA結(jié)構(gòu)動態(tài)變化的位點圖譜。通過關(guān)聯(lián)研究，系統(tǒng)性分析了不同類型RNA修飾對RNA結(jié)構(gòu)的影響，以及RNA結(jié)構(gòu)和不同RNA結(jié)合蛋白（RBP）結(jié)合之間的相互關(guān)系。進一步，基于RNA的結(jié)構(gòu)變化，將RNA的N6-甲基腺苷修飾（即m6A）的閱讀器蛋白（reader）分成直接和間接閱讀器（即結(jié)構(gòu)閱讀器）蛋白，以及閱讀器和拮抗閱讀蛋白。論文最后對新發(fā)現(xiàn)的m6A拮抗閱讀蛋白LIN28A進行了驗證。

圖1. 通過亞細胞分離獲取不同細胞組分高精度的RNA結(jié)構(gòu)組

這項研究突出了RNA結(jié)構(gòu)的動態(tài)變化特性，及其在基因調(diào)控中的功能意義。并深入解析了RNA結(jié)構(gòu)動態(tài)變化的分子機制，特別是其與RNA修飾、RBP結(jié)合之間的相互關(guān)系。

原文標題：

RNA structure maps across mammalian cellular compartments